Grundlage des Markgräfler Museums sind seine Sammlungen. Sie gehen auf erste Sammlungsbestrebungen zum Thema Weinbaugeschichte unter der bedeutenden Müllheimer Familie Blankenhorn um 1900 und zum Bereich Stadtgeschichte durch den Müllheimer Ingenieur Kurt Werner Beidek (1892-1957) zurück. Mit der Gründung des späteren Markgräfler Museums 1974 erhielten diese ersten Sammlungsbestände eine Heimat. Sie werden bis heute – seit 2019 anhand eines umfassenden Sammlungskonzeptes – beständig erweitert und umfassen unter anderem auch herausragende Werke regionaler Kunstgeschichte, Objekte zur jüdischen Geschichte Mülheims, Gegenstände der Alltags- und Mühlengeschichte oder wertvolle kulturgeschichtliche Nachlässe.

Wissenschaftliche Regionalbibliothek

Über 7.00 Werke seit der Frühen Neuzeit bis heute umfasst die wissenschaftliche Museumsbibliothek zur Geschichte und Kunst der Region, zu der auch der einzigartige Bestand der Blankenhornschen Bibliothek zählt. Nach Absprache mit dem Museumsbüro ist die Nutzung der Bibliothek möglich.

Forschung

Das Markgräfler Museum betreibt z. B. im Zuge eigener Ausstellungsvorhaben Forschungen auf dem Gebiet der Stadt- und der Regionalgeschichte, deren Ergebnisse dann in Ausstellungen und Publikationen fließen. Es steht außerdem beratend bei privaten Forschungsvorhaben nach Absprache zur Verfügung und kann hierfür auch Einblicke in seine Bestände bieten.